Đây là một trong những điểm mới đáng chú ý tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP vừa được Chính phủ ban hành, sửa đổi – bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT. Nghị định mới có hiệu lực từ ngày 1/1/2026, với nhiều điều chỉnh quan trọng liên quan tới lĩnh vực nông, lâm, thủy sản.

Tháo gỡ điểm nghẽn thuế trong chuỗi nông sản

Theo quy định mới, các doanh nghiệp, hợp tác xã và liên hiệp hợp tác xã khi mua – bán các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường cho nhau sẽ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Tuy nhiên, các tổ chức này vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào như bình thường.

Đây là điểm tháo gỡ quan trọng cho những vướng mắc kéo dài trong thực tiễn – khi doanh nghiệp vừa không được hoàn thuế, vừa khó hạch toán chi phí, quản trị dòng tiền. Theo Bộ Tài chính, cơ chế này giúp duy trì tính liên thông của hệ thống khấu trừ thuế GTGT, đồng thời giảm đáng kể thủ tục hành chính và chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp trong chuỗi thu mua, sản xuất, phân phối nông sản.

Phân định rõ đối tượng, giảm rủi ro pháp lý

Nghị định 359 cũng quy định cụ thể các tình huống để thống nhất cách áp dụng. Cụ thể, nếu doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán hàng cho doanh nghiệp hoặc hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính thuế GTGT. Nhưng nếu bán hàng cho cá nhân, hộ kinh doanh hoặc tổ chức khác thì vẫn phải tính thuế GTGT đầu ra với thuế suất 5%.

Trường hợp các tổ chức, cá nhân nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì tiếp tục áp dụng mức thuế 1% trên doanh thu đối với hoạt động bán sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế.

Việc phân định rạch ròi từng đối tượng và tình huống phát sinh được kỳ vọng sẽ hạn chế các sai sót trong áp dụng chính sách thuế và giảm thiểu rủi ro pháp lý cho người nộp thuế.

Bãi bỏ điều kiện hoàn thuế ‘gây tắc nghẽn’

Đặc biệt, Nghị định 359 cũng bãi bỏ quy định yêu cầu người bán phải kê khai, nộp thuế thì người mua mới được hoàn thuế, vốn là một trong những điểm nghẽn lớn nhất với doanh nghiệp xuất khẩu nông sản.

Theo quy định chuyển tiếp, đối với các hồ sơ hoàn thuế đã được tiếp nhận trước ngày 1/1/2026 nhưng chưa có quyết định hoàn thuế hoặc hoàn thuế kiêm bù trừ ngân sách, người nộp thuế không còn phải chứng minh rằng bên bán đã kê khai – nộp thuế đối với hóa đơn đầu vào.

Sửa đổi này được đánh giá là bước đột phá về thể chế, gỡ vướng triệt để cho hoạt động hoàn thuế trong lĩnh vực nông nghiệp xuất khẩu, vốn thường xuyên gặp trở ngại vì thủ tục chứng minh nghĩa vụ thuế của đối tác.

Theo Bộ Tài chính, Nghị định 359 được ban hành nhằm bảo đảm sự phù hợp với Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT. Đồng thời, nghị định cũng làm rõ ranh giới giữa các nhóm đối tượng: không chịu thuế, chịu thuế suất 5%, không phải kê khai – tính thuế, và áp dụng phương pháp tính trực tiếp.

Theo Doanh nghiệp & Thương hiệu

https://doanhnghiepthuonghieu.vn/bo-ke-khai-thue-gtgt-voi-nong-lam-thuy-san-chua-che-bien-tu-20261-p68047.html